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實測快速通用型基因組DNA提取試劑盒的性能

作者:新景實驗室
版權說明:本文系原創文章 轉載請標注出處和本文鏈接

實驗樣本類型多,提取DNA需要買好幾種試劑盒?今天小新為有這方面煩惱的用戶推薦一款新產品——快速通用型基因組DNA提取試劑盒,這款試劑盒能從容應對各類常見樣本,讓您做到一盒在手,各種DNA都有。接下來就讓小新帶大家看看這款試劑盒是不是真有這么好用。

 

一、 實驗目的

測試快速通用型基因組DNA提取試劑盒對不同類型樣本基因組DNA的提取效果。

 

二、 實驗材料

枯草桿菌、豬肉、小蓬草、人的糞便、人的抗凝全血、1.5 ml離心管若干

快速通用型基因組DNA提取試劑盒(Simgen Cat.No.3302050

2×PCR MixSimgen Cat.No.7003100

1.3 kb β-球蛋白引物(FTTAGGCCTTAGCGGGCTTAGAC/RCCAGGATTTTTGATGGGACACG

細菌16s rDNA引物(27FAGAGTTTGATCMTGGCTCAG/1492RGGHTACCTTGTTACGACTT

植物GAPDH引物(FGCTCACTTGAAGGGTGG/RCCATTCGTTGTCGTACCA

溶菌酶(Simgen Cat. No. 8009500

研缽

旋渦振蕩器(越新儀器,XH-C

臺式小量離心機(eppendorf centrifuge 5415 D

電子恒溫不銹鋼水浴鍋(上海宜昌儀器紗篩廠)

超微量分光光度計(Simgen Cat.No.sim100

電泳儀(北京六一儀器廠,DYY-6C型)

PCR儀(Techne FPROG5Y Progene Thermal

 

三、 實驗步驟

(一)樣本DNA提取

樣本使用前處理:

【從動物組織中提取基因組DNA

1. 用手術刀切取50 mg豬肉組織,再用刀尖將組織剁成勻漿狀,轉入一個潔凈的1.5 ml離心管中。

2. 加入150 μl Buffer TE300 μl Buffer GE,旋渦振蕩30秒混合均勻。

3. 加入20 μl蛋白酶K貯存液,56℃水浴10分鐘。

4. 加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最高速(≥12,000×g)離心1分鐘。

【從植物組織中提取基因組DNA

1. 稱取200 mg小蓬草植物組織,剪成小塊放入研缽中,加入液氮,使組織冷凍完全后,快速、用力研磨至粉末狀。研磨時應間斷加入液氮以防止組織融化,研磨充分后將研缽放入56℃水浴至樣品粉末剛開始融化。加入300 μl Buffer TE,繼續研磨30秒混勻。

2. 轉移200 μl研磨好的勻漿至1.5 ml離心管中,如勻漿體積不足200 μl,補加Buffer TE200 μl

3. 加入300 μl Buffer GE20 μl蛋白酶K貯存液,立即旋渦振蕩1分鐘混合均勻。56℃水浴10分鐘。

4. 加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最高速(≥12,000×g)離心5分鐘。

【從培養細胞﹑淋巴細胞﹑全血或骨髓、骨頭中提取基因組DNA

1.   收集200 μl全血于1.5 ml離心管。

2.   加入300 μl Buffer GE20 μl蛋白酶K貯存液。立即旋渦振蕩30秒混合均勻。

3.   56℃水浴10分鐘。

4.   加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最高

速(≥12,000×g)離心1分鐘。

【從細菌中提取基因組DNA

1. 1.5 ml離心管收集5 ml細菌培養物,加入100 μl Buffer TE,旋渦振蕩充分懸浮細菌。加入100 μl溶菌酶溶液,旋渦振蕩約15秒混勻,37 ℃水浴30分鐘。

2. 加入300 μl Buffer GE20 μl蛋白酶K貯存液。立即旋渦振蕩30秒混合均勻。

3. 56℃水浴10分鐘。

4. 加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最

高速(≥12,000×g)離心1分鐘。

【從糞便中提取基因組DNA

1. 1.5 ml離心管收集50 mg糞便,加入150 μl Buffer TE,旋渦振蕩直至糞便顆粒全部懸浮。

2. 加入300 μl Buffer GE20 μl蛋白酶K貯存液。立即旋渦振蕩30秒混合均勻。

3. 56℃水浴10分鐘。

4. 加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最高速(≥12,000×g)離心1分鐘。

【后續相同的操作步驟】

5. 吸取所有上清液加入到核酸純化柱中(核酸純化柱置于2 ml離心管中),蓋上管蓋,12,000×g離心30秒。

6. 2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,在核酸純化柱中加入800 μl Buffer WB,蓋上管蓋,12,000×g離心30秒。

7. 2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,在核酸純化柱中加入300 μl Buffer WB,蓋上管蓋,最高速(≥12,000×g)離心1分鐘。

8. 2 ml離心管,將核酸純化柱置于一個潔凈的1.5 ml離心管中,在純化柱的膜中央加入100 μl 56℃溫育的Buffer TE,蓋上管蓋,室溫靜置1分鐘,12,000×g離心30秒。

9. 棄純化柱,得到的DNA放于﹣20℃冰箱備用。

(二)PCR擴增

擴增體系:

快速通用型基因組DNA提取試劑盒-2×PCR Mix-溶菌酶-擴增體系

擴增條件:

1. 全血DNA(人1.3 kb β-球蛋白引物)/糞便DNA(細菌16s rDNA引物):94℃,5 min{94℃,45sec55℃,45sec72℃,1min30sec}×30 cycles72℃,10min

2. 小蓬草DNA(植物GAPDH引物):96℃,3 min{94℃,30sec58℃,50sec72℃,1min}×35 cycles72℃,10min

四、 實驗結果

1. 在超微量分光光度計上用Buffer TE調零,測量提取的DNA,結果如下:

快速通用型基因組DNA提取試劑盒-2×PCR Mix-溶菌酶-測量提取的DNA結果

2. 1%的瓊脂糖凝膠上加入5 μl洗脫的基因組DNA/擴增產物/DNA Marker進行電泳,結果如下:

快速通用型基因組DNA提取試劑盒-2×PCR Mix-溶菌酶-電泳結果圖一

快速通用型基因組DNA提取試劑盒-2×PCR Mix-溶菌酶-電泳結果圖二

一、 分析與討論

1. 由濃度測量結果和DNA電泳圖可知,快速通用型基因組DNA提取試劑盒從五種不同類型的樣本中都成功提取到了基因組DNA。這五類樣本包括了動物、植物、細菌、糞便、血液這些常見的實驗樣本,證明了快速通用型基因組DNA提取試劑盒的強大通用性。

2. 快速通用型基因組DNA提取試劑盒在提取上述各種樣本基因組DNA的過程中都沒有額外進行RNase A的消化,但是將提取到的DNA電泳時卻都沒有觀察到殘留的RNA條帶,甚至是最容易殘留RNA的植物、細菌、糞便等樣本。說明這個產品可以不用額外添加RNase A就能去除RNA

3. 快速通用型基因組DNA提取試劑盒采用了一項特殊的萃取技術,能使樣本中被蛋白酶K消化后的各種殘留物(包括未消化完全的樣本碎片、蛋白、脂類物質、色素、多糖等)都萃取到下相中。也就是說在吸取上相過柱純化這一操作步驟前,DNA已經提前進行了一次預純化,這也就是為什么快速通用型基因組DNA提取試劑盒只需要一種洗液洗滌純化柱的原因。后續擴增產物電泳結果中我們也可以發現,快速通用型基因組DNA提取試劑盒提取的DNA不影響后續的PCR擴增,即使是應對糞便、植物這類抑制物較多的樣本也完全沒有問題。

 

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