實驗樣本類型多,提取DNA需要買好幾種試劑盒?今天小新為有這方面煩惱的用戶推薦一款新產品——快速通用型基因組DNA提取試劑盒,這款試劑盒能從容應對各類常見樣本,讓您做到“一盒在手,各種DNA都有”。接下來就讓小新帶大家看看這款試劑盒是不是真有這么好用。
一、 實驗目的
測試快速通用型基因組DNA提取試劑盒對不同類型樣本基因組DNA的提取效果。
二、 實驗材料
枯草桿菌、豬肉、小蓬草、人的糞便、人的抗凝全血、1.5 ml離心管若干
快速通用型基因組DNA提取試劑盒(Simgen Cat.No.3302050)
2×PCR Mix(Simgen Cat.No.7003100)
人1.3 kb β-球蛋白引物(F:TTAGGCCTTAGCGGGCTTAGAC/R:CCAGGATTTTTGATGGGACACG)
細菌16s rDNA引物(27F:AGAGTTTGATCMTGGCTCAG/1492R:GGHTACCTTGTTACGACTT)
植物GAPDH引物(F:GCTCACTTGAAGGGTGG/R:CCATTCGTTGTCGTACCA)
研缽
旋渦振蕩器(越新儀器,XH-C)
臺式小量離心機(eppendorf centrifuge 5415 D)
電子恒溫不銹鋼水浴鍋(上海宜昌儀器紗篩廠)
超微量分光光度計(Simgen Cat.No.sim100)
電泳儀(北京六一儀器廠,DYY-6C型)
PCR儀(Techne FPROG5Y Progene Thermal)
三、 實驗步驟
(一)樣本DNA提取
樣本使用前處理:
【從動物組織中提取基因組DNA】
1. 用手術刀切取50 mg豬肉組織,再用刀尖將組織剁成勻漿狀,轉入一個潔凈的1.5 ml離心管中。
2. 加入150 μl Buffer TE、300 μl Buffer GE,旋渦振蕩30秒混合均勻。
3. 加入20 μl蛋白酶K貯存液,56℃水浴10分鐘。
4. 加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最高速(≥12,000×g)離心1分鐘。
【從植物組織中提取基因組DNA】
1. 稱取200 mg小蓬草植物組織,剪成小塊放入研缽中,加入液氮,使組織冷凍完全后,快速、用力研磨至粉末狀。研磨時應間斷加入液氮以防止組織融化,研磨充分后將研缽放入56℃水浴至樣品粉末剛開始融化。加入300 μl Buffer TE,繼續研磨30秒混勻。
2. 轉移200 μl研磨好的勻漿至1.5 ml離心管中,如勻漿體積不足200 μl,補加Buffer TE至200 μl。
3. 加入300 μl Buffer GE和20 μl蛋白酶K貯存液,立即旋渦振蕩1分鐘混合均勻。56℃水浴10分鐘。
4. 加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最高速(≥12,000×g)離心5分鐘。
【從培養細胞﹑淋巴細胞﹑全血或骨髓、骨頭中提取基因組DNA】
1. 收集200 μl全血于1.5 ml離心管。
2. 加入300 μl Buffer GE和20 μl蛋白酶K貯存液。立即旋渦振蕩30秒混合均勻。
3. 56℃水浴10分鐘。
4. 加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最高
速(≥12,000×g)離心1分鐘。
【從細菌中提取基因組DNA】
1. 用1.5 ml離心管收集5 ml細菌培養物,加入100 μl Buffer TE,旋渦振蕩充分懸浮細菌。加入100 μl溶菌酶溶液,旋渦振蕩約15秒混勻,37 ℃水浴30分鐘。
2. 加入300 μl Buffer GE和20 μl蛋白酶K貯存液。立即旋渦振蕩30秒混合均勻。
3. 56℃水浴10分鐘。
4. 加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最
高速(≥12,000×g)離心1分鐘。
【從糞便中提取基因組DNA】
1. 用1.5 ml離心管收集50 mg糞便,加入150 μl Buffer TE,旋渦振蕩直至糞便顆粒全部懸浮。
2. 加入300 μl Buffer GE和20 μl蛋白酶K貯存液。立即旋渦振蕩30秒混合均勻。
3. 56℃水浴10分鐘。
4. 加入500 μl Buffer PE,用力搖晃5~10次形成乳濁液,再旋渦振蕩30秒混合均勻,最高速(≥12,000×g)離心1分鐘。
【后續相同的操作步驟】
5. 吸取所有上清液加入到核酸純化柱中(核酸純化柱置于2 ml離心管中),蓋上管蓋,12,000×g離心30秒。
6. 棄2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,在核酸純化柱中加入800 μl Buffer WB,蓋上管蓋,12,000×g離心30秒。
7. 棄2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,在核酸純化柱中加入300 μl Buffer WB,蓋上管蓋,最高速(≥12,000×g)離心1分鐘。
8. 棄2 ml離心管,將核酸純化柱置于一個潔凈的1.5 ml離心管中,在純化柱的膜中央加入100 μl 56℃溫育的Buffer TE,蓋上管蓋,室溫靜置1分鐘,12,000×g離心30秒。
9. 棄純化柱,得到的DNA放于﹣20℃冰箱備用。
(二)PCR擴增
擴增體系:
擴增條件:
1. 全血DNA(人1.3 kb β-球蛋白引物)/糞便DNA(細菌16s rDNA引物):94℃,5 min,{94℃,45sec;55℃,45sec;72℃,1min30sec}×30 cycles,72℃,10min。
2. 小蓬草DNA(植物GAPDH引物):96℃,3 min,{94℃,30sec;58℃,50sec;72℃,1min}×35 cycles,72℃,10min。
四、 實驗結果
1. 在超微量分光光度計上用Buffer TE調零,測量提取的DNA,結果如下:
2. 在1%的瓊脂糖凝膠上加入5 μl洗脫的基因組DNA/擴增產物/DNA Marker進行電泳,結果如下:
一、 分析與討論
1. 由濃度測量結果和DNA電泳圖可知,快速通用型基因組DNA提取試劑盒從五種不同類型的樣本中都成功提取到了基因組DNA。這五類樣本包括了動物、植物、細菌、糞便、血液這些常見的實驗樣本,證明了快速通用型基因組DNA提取試劑盒的強大通用性。
2. 快速通用型基因組DNA提取試劑盒在提取上述各種樣本基因組DNA的過程中都沒有額外進行RNase A的消化,但是將提取到的DNA電泳時卻都沒有觀察到殘留的RNA條帶,甚至是最容易殘留RNA的植物、細菌、糞便等樣本。說明這個產品可以不用額外添加RNase A就能去除RNA。
3. 快速通用型基因組DNA提取試劑盒采用了一項特殊的萃取技術,能使樣本中被蛋白酶K消化后的各種殘留物(包括未消化完全的樣本碎片、蛋白、脂類物質、色素、多糖等)都萃取到下相中。也就是說在吸取上相過柱純化這一操作步驟前,DNA已經提前進行了一次預純化,這也就是為什么快速通用型基因組DNA提取試劑盒只需要一種洗液洗滌純化柱的原因。從后續擴增產物電泳結果中我們也可以發現,快速通用型基因組DNA提取試劑盒提取的DNA均不影響后續的PCR擴增,即使是應對糞便、植物這類抑制物較多的樣本也完全沒有問題。
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