之前小新向大家隆重介紹了一款提取植物總RNA的強效產品——高多糖多酚植物總RNA試劑盒,這款試劑盒通用性極強,幾乎可以提取任何植物樣本,受到了很多植物研究人員的喜愛。但是世上萬物沒有十全十美的,今天我們用實驗自爆這款明星產品的缺陷。
一、實驗目的:
驗證Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒存在的產品缺陷。
二、實驗材料:
埃克萊爾(一種綠色月季花,由浙江農林大學友情提供)、研缽、液氮
高多糖多酚植物總RNA試劑盒(Simgen Cat.No.5103050)
超微量電子天平(DENVER INSTRUMENT,TP-213)
旋渦震蕩器(越新儀器,XH-C)
超微量分光光度計(Simgen Cat.No.sim100)
電泳儀(北京六一儀器廠,DYY-6C型)
三、實驗方法:
1 a. 稱取250 mg花瓣放入研缽中,加入液氮研磨成粉末狀。加入3 ml已加入β-巰基乙醇的Buffer RCT,繼續研磨直至呈勻漿狀,分別吸取650 μl勻漿液(按50 mg組織換算成50 μl勻漿物+600 μl裂解液計算)到4個RNase-free的1.5 ml離心管中,編號1、2、3、4,分別向1、2兩管中加入1 μl RNase A;
1 b. 稱取600 mg花瓣放入研缽中,加入液氮研磨成粉末狀。加入1.8 ml已加入β-巰基乙醇的Buffer RCT,繼續研磨直至呈勻漿狀,分別吸取800 μl勻漿液(按200 mg組織換算成200 μl勻漿物+600 μl裂解液計算)到2個RNase-free的1.5 ml離心管中,編號5、6;
2. 加600 μl Buffer EX,用力混合均勻后離心5 min;
3. 吸取350 μl上清于潔凈的1.5 ml管中,加入350 μl Buffer K混合均勻,混合液全部轉移到過濾柱中離心;
4. 棄過濾柱,向濾液中加入700 μl 70%乙醇混合均勻,將混合液分兩次加入核酸純化柱中,離心棄濾液;
5. 依次加入500 μl Buffer WA和600 μl Buffer WBR洗滌;
6. 14000 rpm空離1 min去除殘留乙醇;
7. 將核酸純化柱置于潔凈的RNase-free的1.5 ml離心管中,在純化柱的膜中央加入50 μl RNase-Free Water,室溫靜置1 min,離心洗脫得到RNA。
四、實驗結果:
1、在超微量分光光度計上用試劑盒的RNase-Free Water調零,測量洗脫下來的RNA,結果如下:
1、2是50 mg加了RNase A的花瓣組織提取的RNA;
3、4是50 mg花瓣組織提取的RNA;
5、6是200 mg花瓣組織提取的RNA。
2、在1%的瓊脂糖凝膠上,加入5 μl洗脫的RNA進行電泳,結果如下:
五、分析與討論:
1. 從樣品編號3、4測得的濃度可以發現,50 mg埃克萊爾花瓣就提取到了大約17 μg的RNA,說明這種花瓣的RNA含量非常高。而同樣是50 mg的花瓣,加入了1 μl RNase A的1、2測得的濃度只有個位數,相當于沒有,這應該是RNA都被降解掉了。
2. 當樣本量增加到200 mg時,可以發現只提取到了大約33.5 μg的RNA,只增加了大約2倍的量,并沒有按照體積的增量相應地增加4倍。
3. 從電泳圖可以看到,50 mg花瓣提取的RNA條帶清晰完整,加了RNase A的RNA確實都降解了,完全沒有看到條帶。而200 mg花瓣提取的RNA則存在明顯的降解情況。
綜上所述,證明了Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒對有RNase A使用的環境非常敏感,究其原因是裂解液Buffer RCT不像Trizol試劑一樣含硫氰酸胍,不能像Trizol試劑一樣有效地變性滅活RNase A。
其次,在沒有RNase A污染的正常提取過程中,Buffer RCT采用的策略是在RNA分子周圍形成保護層,防止其被剪切斷裂。但如果樣本中的RNA含量太高,Buffer RCT就不能保證在所有的RNA分子周圍都形成有效的保護層,導致最后提取到的RNA出現部分降解的情況。
最后我們提醒用戶使用Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒時必須注意以下兩點:
1. Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒對RNA酶污染非常敏感,千萬不要在使用RNA酶(比如提取質粒DNA)的實驗室提取RNA,包括用過RNA酶的移液器也不能用作提取RNA。
2. 精確控制樣本用量,切忌太隨意。使用Simgen高多糖多酚植物總RNA試劑盒時,寧愿少用樣本,也不要多用樣本。對于嫩葉、嫩芽等RNA含量高的樣本,用量應控制在100 mg以內,只有RNA含量低的樣本(比如土豆,水果等)才推薦用到200 mg的組織,否則提取的RNA可能會出現降解現象。