前段時間為了擴展物種源性鑒定試劑盒的種類,決定增加馬源和驢源的鑒定試劑盒。在研發(fā)階段遇到了一些意想不到的事情,今天小新來和大家分享一下。
物種源性鑒定試劑盒采用TaqMan實時熒光PCR技術,根據各物種間基因序列差異而進行動物源性成分鑒定。本次馬和驢的特異性引物及探針是采用了《SB/T 10923-2012 肉及肉制品中豬、牛、羊、馬、驢、雞、鴨、鵝、兔源性成分的快速鑒定 實時PCR法》,具體序列如下:
馬源性成分檢測用引物(對)序列為:
FP:5′- CCAATGCGTATTCTGACTCTTAGTG -3′
RP:5′- CGATAATTACGTATGGGTGTTCC -3′
Pro:5′ FAM- CTGACACTAACATGAATCGGCGGACAGC-TAMRA 3′
驢源性成分檢測用引物(對)序列為:
FP:5′- CCTCAGCACTCCCCCTCAT -3′
RP:5′- AAGGATAAGGGCTAATACACCA -3′
Pro:5′ FAM- CCAGAATGGTATTTCCTATTTGCTTACGCC-TAMRA3
引物和探針搞定后,接下來就是DNA了,為此小新專門在淘寶上購買了一份馬肉和一份驢肉,然后用Simgen動物組織DNA試劑盒(Cat.No.3101050)分別提取馬肉和驢肉的DNA。
最后就是PCR擴增測試了,在配置擴增試劑的時候,小新突然想到網上說的驢肉頻繁造假事情,再加上買的驢肉居然比馬肉還便宜,心里有些不踏實,于是決定驗證一番。擴增曲線如下:
5-8是用的驢特異性引物探針,5是陰性對照,6、7是提取的驢肉DNA,8是提取的馬肉DNA1-4是用的馬特異性引物探針,1是陰性對照,2、3是提取的馬肉DNA,4是提取的驢肉DNA
購買的馬肉看來是真的,擴增結果無異常。但是驢肉確實是假的,這個所謂的驢肉不能用驢的特異性引物探針擴增出來,但可以用馬的特異性引物探針擴增出來,只能說明這是馬肉造假的驢肉。
于是小新又換了一家淘寶店購買驢肉,并和店家溝通了一番。在了解到小新是為了做物種檢測后,商家大方的送了一根帶點肉的驢骨做檢測用。用骨頭上帶著的驢肉提取了DNA并進行了PCR擴增,結果如下:
5-7是用的驢特異性引物探針,5是陰性對照,6、7是新提取的驢肉DNA1-4是用的馬特異性引物探針,1是陰性對照,2、3是提取的馬肉DNA,4是新提取的驢肉DNA
結果顯示新提取的驢肉DNA不僅能用驢的特異性引物探針擴增出來,同時也可以用馬的特異性引物探針擴增出來,不過擴增效率要差一些。
小新與小伙伴們對于這一結果經過多番探討,覺得有兩種可能:
1.懷疑驢肉上沾染到了馬的DNA。于是敲開驢骨,提取了3管骨髓的DNA進行PCR。擴增結果如下:
5-8是用的驢特異性引物探針,5是陰性對照,6、7、8是提取的驢骨髓DNA1-4是用的馬特異性引物探針,1是陰性對照,2是提取的馬肉DNA,3、4是提取的驢骨髓DNA
結果顯示驢骨髓DNA仍舊能用馬的引物探針擴增出來,這說明不是樣本的問題。
2.懷疑馬的引物有問題。于是專門去NCBI上Blast,發(fā)現(xiàn)確實有點問題,用馬的引物進行Primer-BLAST時,查找生物選擇驢(Equus asinus),最后居然也找到了對應的序列,當然其中有個別堿基不同,這應該就是為什么擴增效率低的原因吧。之后小新又重新合成了一組新的引物探針,這次采用的是《SNT 3730.5-2013 食品及飼料中常見畜類品種的鑒定方法 第5部分:馬成分檢測 實時熒光PCR法》中的引物探針序列,并且上NCBI又核對了一遍,確認沒有問題。最后擴增結果如下:
結果證實確實是引物探針存在問題。
總結
1. 馬和驢都是屬于脊索動物門、脊椎動物亞門、哺乳綱、奇蹄目、馬科、馬屬,只有種不一樣,親緣關系比較近,導致兩者間的基因有很多相同或者類似的,因此設計引物時需要多加注意。我們的實驗證明了《SNT 3730.5-2013 食品及飼料中常見畜類品種的鑒定方法 第5部分:馬成分檢測 實時熒光PCR法》中設計的馬引物探針序列比較靠譜,《SB/T 10923-2012 肉及肉制品中豬、牛、羊、馬、驢、雞、鴨、鵝、兔源性成分的快速鑒定 實時PCR法》中的馬引物探針設計有缺陷,建議不要采用。
2. 造假情況比我們想象的還要接近我們的生活,就像這次買的“驢肉”,當時還是挑選的一家銷量不錯的店,沒想到還是被騙了。由于賣家對我們這種專業(yè)做物種源性檢測的用戶還拒不認錯,我們決定曝光一下這家淘寶天貓店——味健旺旗艦店,提醒大家不要上當受騙。
3. 這次實驗可謂是一波三折,不僅買的樣品出現(xiàn)造假情況,就連非常嚴肅的參考資料都可能有漏洞。這就提醒我們不能盲目相信網上的各種信息,科學地設計實驗,細心地驗證,才是最有保障的獲取知識的方法。
備注:實驗所采用的一些儀器、設備、試劑如下
試劑:
動物組織DNA試劑盒(Simgen,Cat.No.3101050)
2×Probe qPCR Mix(Simgen,Cat.No.7206100)
儀器:
超微量電子天平(DENVER INSTRUMENT,TP-213)
旋渦震蕩器(越新儀器,XH-C)
臺式離心機(eppendorf Centrifuge 5415 D)
超微量分光光度計(Simgen Cat.No.sim100)
熒光定量PCR儀(ABI7500)