我們先來看網絡上的一個求助帖:
已經積攢了一批抗凝血,由于當時未多加考慮,取標本后就直接放在-80度了,請問:
這樣對提取RNA影響大嗎?我該怎樣防止血液融化時RNA被酶解呢?具體該怎樣操作呢?
謝謝。我是新手,請多幫助!!!!
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凍存的時間過長,即使溫度很低,RNA也可能降解。
你的這種情況,在融解之前在凍塊上面加入RNA酶抑制劑溶液后再融解,融解過程中注意抑制劑溶液及時與融化血液混合,不要劇烈振蕩。只要RNA在凍存過程沒有降解,這樣就不會有太大問題。
回復
這樣不可避免RNA的降解。
我們也遇到這樣的問題,我們的首席教授告訴我們應該在凍存時直接加入TRIZOL。這樣可以避免RNA被降解。
回復
非常感謝!只有提提試一下了。
RNA酶抑制劑溶液是指的什么?1 ml血液加多少有要求嗎?
從上面的求助帖中我們可以總結出幾大信息:
1. 血液直接凍存到-80℃再提取是個大問題,沒有人能確切回復可行的操作方案。實際上即使我們查找著名的核酸純化試劑盒公司QIAGEN的網站,也找不到從-80℃凍存的血液中提取RNA的方法。
2. 血液不加任何試劑直接凍存在-80℃時,RNA會降解嗎?如果會降解,多久會降解完?
回復的建議都是猜測性的,沒有做過實際的測試。
眾所周知,RNA容易降解,所以一般提取RNA都會使用新鮮的樣本,如果新鮮樣本不能立即提取RNA,應立即放到-80℃凍存—從這一點上講,發帖的求助者也沒做錯。但關鍵是血液中的紅細胞不含有RNA,提供RNA的主要是白細胞,市面上主要的血液RNA提取試劑盒(比如QIAGEN)用到的原理是將白細胞與其它組分分離(用紅細胞裂解液去除紅細胞)再提取其中的RNA。一旦血液經過冷凍就會出現溶血現象,這時所有的細胞都發生破裂,已經無法分離白細胞了,使用這種方法自然也就提不到RNA。
Simgen獨創的全血總RNA試劑盒,是無需紅細胞裂解液分離白細胞,直接從全血中提取RNA的,是不是能從冷凍的抗凝血中提取到RNA呢?讓我們實測一下吧:
實驗材料:-80℃冷凍75天的抗凝全血;預先按500 μl血樣比1 ml Buffer L9的比例加入Buffer L9的同一個抗凝全血樣本作為對照組(備注:Simgen 全血總RNA試劑盒中的Buffer L9與抗凝全血預混后可在-20℃長期凍存,RNA不會降解)。
實驗試劑:全血總RNA試劑盒(simgen,Cat.No.5201050)、
cDNA第一鏈合成試劑盒(simgen,Cat.No.7306025)、
2×SYBR Green PCR Mix(simgen,Cat.No.7106100)、
人β-actin引物(Forward TGACGTGGACATCCGCAAAG
/Reverse: CTGGAAGGTGGACAGCGAGG)
實驗方法:
1. 分兩組進行對比實驗,每組各做兩管:第一組取2個2 ml離心管,各加入500 μl新鮮全血,編號1、2;第二組加入500 μl新鮮全血后再加入1 ml Buffer L9,混合均勻,編號3、4。將兩組樣本置于-80℃凍存,凍存75天。
2. 75天后取出后置于室溫,待血樣全部融化后,向1、2中加入1 ml Buffer L9混合均勻;
3. 13000 rpm離心10分鐘;
4. 吸取700 μl離心上清轉移到裝有500 μl無水乙醇的1.5 ml 離心管中,混勻;
5. 分兩次將混合液轉移到核酸純化柱中,離心去濾液;
6. 依次用500 μl Buffer WA和700 μl Buffer WBR各洗滌一次;
7. 用50 μl RNase-Free Water洗脫RNA;
8. 在微量紫外分光光度計上測量RNA的濃度;
9. 瓊脂糖凝膠電泳;
10. 逆轉錄制備cDNA;
11. 取5 μl cDNA模板進行RT-PCR檢測。
實驗結果:
1.在微量紫外分光光度計上用RNase-Free Water調零,測量洗脫下來的RNA,結果如下,
從表一的數據上可以看出兩種方法處理的抗凝血經過75天的長期保存后均提取出了RNA,且濃度并無太大差異。
2.在1%的瓊脂糖凝膠上,加入8 μl血液RNA,電泳15 min,結果如下,
從圖一所示的電泳圖中可以看出,四個樣本的電泳條帶都很清晰。
3.熒光定量PCRβ-actin基因檢測結果,
從圖二可以看出,兩組不同處理的冷凍全血中提取的RNA經逆轉錄后獲取的cDNA在RT-PCR檢測中幾乎與陽性同時起線,且Ct值較靠前。
從本次實驗可以得出結論:由于Simgen全血總RNA試劑盒可以從血液中直接分離純化總RNA,不需事先分離白細胞,自然也不怕冷凍血液溶血。本次實驗測試,一次可以從500 μl -80℃貯存75天的冷凍全血中提取到3 μg左右的血液總RNA,且純度很高,完全滿足后續基因檢測的需要。
最后我們可以對網絡上的求助帖做幾條有價值的回復了:
1. 在-80℃凍存的抗凝全血,如果用Simgen全血總RNA純化試劑盒提取RNA則結果影響不大。
2. 抗凝全血在-80℃凍存時間小于75天的,提取到的RNA尚未觀察到有嚴重的降解。
3. 解凍后的抗凝全血立即用Simgen全血總RNA純化試劑盒提取RNA,即使不加RNA酶抑制劑,RNA也不會被降解。
對具體操作感興趣的同學,也可以點擊觀看視頻:https://v.qq.com/x/page/g0323yn2iz8.html。
操作視頻
Simgen實驗室
2017.12.02