某天風和日麗,我像往常一樣去公司上班,一到辦公室,銷售部的小伙伴就跑來向我抱怨:“小新啊,最近公司的凝膠回收試劑盒是不是質檢不過關?我已經接到好幾個投訴電話了!!!”
我:“你說啥!!??怎么可能,出貨前都檢驗了,沒有問題啊!!!”
在小伙伴滿臉懷疑的表情下,我還是果斷的再檢測了一次,對比之后拿到了數據,分分鐘甩了出來。
“不是吧?!85%的回收率客戶還嫌低?”
“可是客戶反映只有不到50%啊……”
為了實力證明產品的質量,我決定去客戶的實驗室走一趟。(這么近,不去多不好啊……)一上午時間搞定,回來之后小伙伴問我怎么樣。為什么我們自己檢測的數據與客戶做出的結果差距如此之大?下面就由小新為大家解答:凝膠回收過程中有哪些容易被忽略的要點。
對照組采用無損失凝膠回收:(每組實驗均有兩個重復)
30μl+120μl凝膠作為樣品,然后通過正常的凝膠回收實驗操作步驟(參照杭州新景生物試劑凝膠回收試劑盒說明書)。
第一組實驗組:凝膠塊薄厚差異(每組實驗均有兩個重復)
客戶制膠相對較薄,實驗室制得膠比較厚。這會兒估計會有小伙伴說了,做那么厚的膠豈不是浪費嗎?然而真的是浪費嘛?我們來看圖片
(圖1:薄膠樣為仿客戶制膠)
(圖2:厚膠樣為實驗室制膠)
從圖上我們可以很明顯的看出圖1的凝膠較薄,在跑樣孔附近有凸起,且整塊膠薄厚不均勻,圖2的膠明顯厚度均勻,沒有明顯的凸起凹陷。
那么為什么薄的膠會出現不均勻的現象呢?這在物理學上被稱之為“毛細作用”(毛細作用:是由分子表面張力引起的,由表面張力和分子與另一種分子之間的親和力引起的。以上來自百度百科)。
那么薄厚不同的膠,會對最終凝膠回收效率有什么影響呢?
我們在兩塊厚薄不同的膠中添加了30μl同樣的DNA樣本,然后通過正常的凝膠回收實驗操作步驟(參照杭州新景生物試劑凝膠回收試劑盒說明書),得到了最終的一份實驗數據。與此同時,我們還進行了第二組實驗。
第二組實驗:跑膠時間對實驗結果的影響(每組實驗均有兩個重復)
點完樣,稍等片刻,我們再來觀察實驗結果。
小新跑膠結束啦,為了效果更明顯,我們需要在側面觀察側面觀察DNA在凝膠中的狀態:
圖3 :1號組厚膠電泳15分鐘效果
圖4:2號組厚膠電泳30分鐘效果
圖5:薄膠電泳15分鐘效果
圖6:3號組薄膠電泳30分鐘效果
通過對比圖3和圖4(或者圖5和圖6),均可看出,隨著電泳時間的加長,DNA條帶出現明顯的擴散。如果凝膠比較厚,如圖4,大部分DNA還保留于凝膠中,但是相對較薄的凝膠,如圖6,估計得有一半的DNA都跑到電泳緩沖液中了。當然,直觀感受沒有依據那么我們就用數據說話,接下來繼續切膠回收。
實驗結果:每組實驗均有兩個重復(真相終于要浮出水面啦~)
1號、2號、3號實驗組的平均回收效率分別為:85.8%、61.8%、37%(看看,這就是區別!!!)。由此我們可以總結出:在凝膠回收的過程中盡量做相對厚一點的膠(為了回收效率就別在意那么一點點膠啦~),最大可能避免毛細作用導致膠體不均勻進而影響回收效率;此外盡可能不要過長時間的電泳,不然大部分的DNA都從凝膠膠體里跑到電泳緩沖液中的話,回收率當然就低啦!回收過程中還要將凝膠塊融化完全,以避免堵塞純化柱。當然這種小的細節相信大家都知道啦。好了今天的小新課堂就到這里了,下期再會!
杭州新景生物試劑開發有限公司實驗室
2016年1月26日