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為什么我的凝膠DNA回收率低

作者:新景實驗室
版權說明:本文系原創文章 轉載請標注出處和本文鏈接


某天風和日麗,我像往常一樣去公司上班,一到辦公室,銷售部的小伙伴就跑來向我抱怨:“小新啊,最近公司的凝膠回收試劑盒是不是質檢不過關?我已經接到好幾個投訴電話了!!!”

我:“你說啥!!??怎么可能,出貨前都檢驗了,沒有問題啊!!!”

在小伙伴滿臉懷疑的表情下,我還是果斷的再檢測了一次,對比之后拿到了數據,分分鐘甩了出來。

“不是吧?!85%的回收率客戶還嫌低?

“可是客戶反映只有不到50%……”

為了實力證明產品的質量,我決定去客戶的實驗室走一趟。(這么近,不去多不好啊……)一上午時間搞定,回來之后小伙伴問我怎么樣。為什么我們自己檢測的數據與客戶做出的結果差距如此之大?下面就由小新為大家解答:凝膠回收過程中有哪些容易被忽略的要點。

對照組采用無損失凝膠回收:(每組實驗均有兩個重復)

30μl+120μl凝膠作為樣品,然后通過正常的凝膠回收實驗操作步驟(參照杭州新景生物試劑凝膠回收試劑盒說明書)。

第一組實驗組:凝膠塊薄厚差異(每組實驗均有兩個重復)

客戶制膠相對較薄,實驗室制得膠比較厚。這會兒估計會有小伙伴說了,做那么厚的膠豈不是浪費嗎?然而真的是浪費嘛?我們來看圖片

凝膠DNA回收試劑盒-圖一薄樣膠為仿客戶制膠 

(圖1:薄膠樣為仿客戶制膠)

凝膠DNA回收試劑盒-圖二厚樣膠為實驗實制膠 

(圖2:厚膠樣為實驗室制膠)

從圖上我們可以很明顯的看出圖1的凝膠較薄,在跑樣孔附近有凸起,且整塊膠薄厚不均勻,圖2的膠明顯厚度均勻,沒有明顯的凸起凹陷。

那么為什么薄的膠會出現不均勻的現象呢?這在物理學上被稱之為“毛細作用”(毛細作用:是由分子表面張力引起的由表面張力和分子與另一種分子之間的親和力引起的。以上來自百度百科)。

那么薄厚不同的膠,會對最終凝膠回收效率有什么影響呢?

我們在兩塊厚薄不同的膠中添加了30μl同樣的DNA樣本,然后通過正常的凝膠回收實驗操作步驟(參照杭州新景生物試劑凝膠回收試劑盒說明書),得到了最終的一份實驗數據。與此同時,我們還進行了第二組實驗。

第二組實驗:跑膠時間對實驗結果的影響(每組實驗均有兩個重復)

凝膠DNA回收試劑盒-跑膠時間對實驗結果的影響 

點完樣,稍等片刻,我們再來觀察實驗結果。

小新跑膠結束啦,為了效果更明顯,我們需要在側面觀察側面觀察DNA在凝膠中的狀態:

 

凝膠DNA回收試劑盒-1號組厚膠電泳15分鐘效果 

1號組厚膠電泳15分鐘效果

凝膠DNA回收試劑盒-2號組厚膠電泳30分鐘效果 

 42號組厚膠電泳30分鐘效果

凝膠DNA回收試劑盒-2號組厚膠電泳30分鐘效果

 5:薄膠電泳15分鐘效果

凝膠DNA回收試劑盒-3號組薄膠電泳30分鐘效果

 63號組薄膠電泳30分鐘效果

通過對比圖3和圖4(或者圖5和圖6),均可看出,隨著電泳時間的加長,DNA條帶出現明顯的擴散。如果凝膠比較厚,如圖4,大部分DNA還保留于凝膠中,但是相對較薄的凝膠,如圖6,估計得有一半的DNA都跑到電泳緩沖液中了。當然,直觀感受沒有依據那么我們就用數據說話,接下來繼續切膠回收。

實驗結果:每組實驗均有兩個重復(真相終于要浮出水面啦~

凝膠DNA回收試劑盒-實驗結果 

1號、2號、3號實驗組的平均回收效率分別為:85.8%61.8%37%(看看,這就是區別!!!)。由此我們可以總結出:在凝膠回收的過程中盡量做相對厚一點的膠(為了回收效率就別在意那么一點點膠啦~),最大可能避免毛細作用導致膠體不均勻進而影響回收效率;此外盡可能不要過長時間的電泳,不然大部分的DNA都從凝膠膠體里跑到電泳緩沖液中的話,回收率當然就低啦!回收過程中還要將凝膠塊融化完全,以避免堵塞純化柱。當然這種小的細節相信大家都知道啦。好了今天的小新課堂就到這里了,下期再會!

 

 

杭州新景生物試劑開發有限公司實驗室

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