自國家決定從2022年12月7號新冠疫情解封開始,奧密克戎毒株立刻讓我們見識到了什么叫極其強悍的傳染性:大概只過了一周時間,杭州的中小學就陸續出現了陽性病例,于是中小學停課;再過一周時間,周邊的人已經到處在討論某某單位已經有人陽了,嚇得大家趕緊找N95口罩;然而到了12月19日,星期一上班前就接到好幾個同事報告自己發燒要請假,懷疑被新冠病毒感染了----這速度,原來新冠病毒已經在你身邊了?。?!這真是給那些預測疫情高峰會在2023年1月份到來的專家們啪啪打臉。
幸虧我們公司在2020年參加過科技局組織的一個科研攻關項目,內容是如何提高新冠病毒核酸檢測的靈敏度,所以已經有現成的新冠病毒核酸檢測試劑了,那時候因為缺臨床樣本無法測試效果,既然現在有那么多現成的臨床樣本送上門來,那就實測一下我們自制的新冠病毒核酸檢測試劑盒的效果吧,順便也好區分下哪些同事該回家休息,哪些同事繼續在工作崗位上堅守。
一、 實驗目的
從本單位同事采集咽拭子等樣本,進行新冠病毒核酸檢測。時間跨度:工作日每天一次檢測,持續約2周時間。
二、 實驗材料
病毒核酸樣本保存液(Simgen Cat.No.4112020)
病毒核酸純化試劑盒(Simgen Cat.No.4002050)
2× One Step Probe RT-PCR Mix(Simgen Cat.No.7406100)
新冠病毒核殼蛋白基因(F:5′- GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT -3′/R:5′- CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG -3′/Pro:5′ -VIC-TTGCTGCTGCTTGACAGATT-BHQ1-3′)
咽拭子、樣本采集管、1.5 ml離心管、8聯排PCR管、濾芯吸頭等耗材
新冠假病毒(陽性對照品,購自復百澳(蘇州)生物科技有限公司)
水浴鍋(上海宜昌儀器紗篩廠)
臺式離心機(eppendorf Centrifuge 5415 D)
熒光定量PCR儀(ABI 7500)
三、 實驗方法
1. 采樣:
A 咽拭子:
取出拭子,避免接觸拭子頭,手拿拭子尾部將拭子頭伸入口腔輕刮上顎兩側數次;將拭子頭浸入病毒核酸樣本保存液中,折斷拭子,把拭子頭留在保存液中,振蕩混勻,得到拭子樣本洗液,取200 μl拭子樣本洗液提取病毒RNA。
B 鼻拭子:
取出拭子,避免接觸拭子頭,手拿拭子尾部將鼻拭子垂直地插到推不動時擰幾下,充分的沾一下體液后取出來;將拭子頭浸入病毒核酸樣本保存液中,折斷拭子,把拭子頭留在保存液中,振蕩混勻,得到拭子樣本洗液,取200 μl拭子樣本洗液提取病毒RNA。
C 唾液:
直接收集200 μl唾液提取病毒RNA。
D 尿液:
直接收集200 μl尿液提取病毒RNA。
E 糞便:
用滅菌的牙簽挑取約200 mg左右的糞便,加入到裝有1 ml生理鹽水的1.5 ml離心管中,旋渦振蕩直至糞便完全分散開來。12000 rpm離心1分鐘,取200 μl頂部上清液提取病毒RNA。
2. 在1.5 ml離心管中加入20 μl蛋白酶K貯存液,再加入200 μl樣本。
3. 加入200 μl含Carrier RNA的Buffer VL,旋渦振蕩約15秒混勻。
4. 將離心管置于56℃水浴10分鐘。
5. 加入320 μl無水乙醇,溫和地翻轉4~6次混合均勻。
6. 吸取步驟5中的溶液加入到核酸純化柱中(核酸純化柱置于2 ml離心管中),蓋上管蓋,12000 rpm離心30秒。
7. 棄2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,在核酸純化柱中加入700 μl Buffer WBR,蓋上管蓋,12000 rpm離心30秒。
8. 棄2 ml離心管中的濾液,將核酸純化柱置回到2 ml離心管中,14000 rpm離心1分鐘。
9. 棄2 ml離心管,將核酸純化柱置于一個潔凈的1.5 ml離心管中,在純化柱的膜中央加入50 μl 56℃預熱的Buffer TE,蓋上管蓋,室溫靜置1分鐘,12000 rpm離心30秒得到病毒RNA。
10. 按下表配制PCR反應體系
RT-PCR擴增條件:50℃ 5 min;95℃ 10 s;(95℃ 5 s;60℃ 30 s)×40 cycles
四、實驗結果
五、 分析與討論
1. 圖一是第一天的測試結果(均用咽拭子采樣):其中1、3、5號同事是有發燒癥狀的,經單管采樣檢測,結果很明確是陽性,其他2、3、6號是無癥狀同事混管檢測的結果,均為陰性。該次測試陽性對照品使用的新冠假病毒樣本,后續測試的陽性對照品都用上真實的新冠病毒樣本了。
2. 圖二是第4天的測試結果(均用咽拭子采樣):這幾天可以說是陽性大爆發階段,2、10、13號同事雖然還沒有癥狀,被勸在家休息,然后第二天開始陸續出現發燒癥狀了。所以說核酸檢測靈敏度確實很高,被感染后沒癥狀都能檢測出陽性。
3. 圖三是第9天的測試結果(均用咽拭子采樣):這是大部分陽過的同事感覺癥狀消失返崗后做的檢測,但核酸檢測結果大部分人仍然是陽性,只是CT值比較大(30~36左右,見表三)!
4. 圖四是對一名陽過返崗的同事的不同部位采樣后的檢測結果,發現除了尿液樣本外,各個不同采樣部位的檢測結果仍然是陽性。但最令人震驚的是:鼻拭子檢測結果竟然是強陽性(CT值達到了22.25見表四)!
5. 經過這一輪新冠爆發采集到樣本的實測,證明Simgen的病毒核酸保存液、病毒核酸純化試劑盒、2× One Step Probe RT-PCR Mix都很靠譜,做新冠病毒核酸檢測毫無壓力。
需要做RNA病毒檢測的同學只需要自己合成一下引物和探針,再打包購買Simgen的病毒核酸保存液、病毒核酸純化試劑盒、2× One Step Probe RT-PCR Mix三款產品,一套DIY的病毒熒光PCR核酸檢測試劑盒就大功告成了!
6. 根據圖四和表四的結果,我們斗膽猜測并解釋一下新冠病毒現在的傳染性為什么這么強吧:當我們的感冒癥狀消失后,以我們陽康的一位同事為例,咽拭子測的CT值在33.89左右,唾液測的CT值是34.69(已經非常接可解除隔離的CT值35了),我們做熒光PCR做得多的同學大概都估計的出來,這也就是個位數病毒核酸分子數能測得的結果,確實傳染性很低了。
但是鼻拭子的CT值是22.25!也就是說鼻拭子中病毒的濃度幾乎是咽拭子病毒濃度的10000倍!看來關于“若連續2次核酸檢測Ct值≥35可解除隔離”的指導意見壓根就不靠譜,除非備注上“鼻拭子采樣檢測”才行。
我們也可以自行腦補一下,那些咽拭子采樣檢測后解除隔離的新冠感染康復者在人群中打了個噴嚏,再或者是擦了擦鼻涕丟個紙巾,然后……然后或許這就是解封前疫情此起彼伏,解封后迅速感染爆發的真實原因了吧?
六、感想
最后,讓我們慶祝一下,折磨了我們三年的新冠病毒終于以一種突然爆發的方式從我們的生活中消失了。如果回到100年前生物學還沒有發展到細胞生物學以及分子生物學領域的時候,疫情的結局估計也還是一樣,只是發生在當代的這一輪疫情,經過現代文明的干擾,疫情持續的時間被硬生生地給拉長了。
所以是時候給提出“群體免疫”理論的英國科學家平反了:打敗病毒的不會是隔離和核酸檢測,仍然是要靠人類生命個體本身的免疫力。如果說新冠疫情帶給了人類什么正面意義上的作用的話,大概就是鍛煉了一把人類的免疫力吧。
當然,即便再出現一次類似的生化危機,在疫情前期我們還是要支持國家的防疫措施的,這樣至少可以在病毒高致死率的階段把病毒阻擋在國門之外,畢竟國人的生命安全還是第一位的。
但是后續等到國外病毒變異到致死率降低(烈性傳染病毒在傳染的過程中變異得更溫和是自然選擇的規律)的時候,就要及時解除費力不討好的防疫措施了,或者干脆把防疫措施更改為老年人保護措施。畢竟,病毒就像《三體》里對蝗蟲的描述一樣:蟲子從來就沒有被真正戰勝過。
· 20-40分鐘內即可完成體液中總核酸的制備,同步分離純化病毒DNA或病毒RNA· 較傳統的煮沸法提取病毒DNA相比,檢測靈敏度增加10-50倍以上. 較傳統Trizol法提取病毒RNA相比,檢測靈敏度增加5-10倍以上· 添加的Carrier RNA有效提高病毒的檢測敏感性(穩定檢測到體液中濃度為100 copies/ml的病毒)· 無須酚氯仿抽提及異丙醇沉淀步驟· 所獲的核酸不含雜質及抑制物 查看產品
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2×One Step Probe RT-PCR Mix是專用于探針法實時熒光定量PCR的兩倍濃度的預混合液 查看產品