自從上次“實測快速通用型基因組DNA提取試劑盒的性能”文章發布后,已經有很多客戶向我們申請了試用裝,使用的反饋效果也不錯。其中某生物科技有限公司更是做了多家試劑盒的測試對比,接下來小新就將該公司測試的結果分享給大家,畢竟產品自測的效果難免讓人懷疑有做廣告的嫌疑,第三方的測試才會顯得公平公正。
一、 實驗材料
試劑盒:**贊(DC112-01)、**金(EE101-01)、*根(KG203)、新景(3105005)、*為(CW2298M)
樣本:小鼠肌肉、豬血、大腸桿菌(DH5α)、夾竹桃葉片
二、 實驗方法
1. 樣本處理:
A. 小鼠肌肉:稱取20 mg,液氮研磨成粉;
B. 豬血:取200 μl全血;
C. 大腸桿菌(DH5α):1.5 ml菌液離心取細菌沉淀;
D. 夾竹桃葉片:稱取100 mg,液氮研磨成粉。
2. 按照各試劑盒說明書操作,提取DNA。
3. 用超微量分光光度計測量提取的DNA,并進行電泳檢測和Qubit檢測。
三、 實驗結果
1. 超微量分光光度計測量結果如下:
2. 電泳檢測結果如下:
3.Qubit檢測結果如下:
四、 分析與討論
1. 從超微量分光光度計測量結果看,小鼠肌肉樣本提取效果最好的是**贊,豬血樣本提取效果最好的是**贊,大腸桿菌樣本提取效果最好的是*為,夾竹桃葉片樣本提取效果最好的是新景。
2. 從電泳結果看,小鼠肌肉樣本提取效果最好的是新景,豬血樣本提取效果最好的是**贊和新景,大腸桿菌樣本提取效果最好的是**贊,夾竹桃葉片樣本提取效果最好的是新景。(*根試劑盒提取的樣本電泳均未顯示條帶,但濃度高的原因是該試劑盒為快速樣品制備試劑盒,樣本裂解處理后DNA已經降解成小片段,雖然可以直接用作qPCR檢測,但電泳已經觀察不到DNA條帶。)
3. 從Qubit檢測結果看,小鼠肌肉樣本提取效果最好的是**贊,豬血樣本提取效果最好的是新景,大腸桿菌樣本提取效果最好的是*為,夾竹桃葉片樣本提取效果最好的是新景。
4. 三種檢測結果的差異性說明了分光光度計檢測方法的局限性,因為紫外吸光度測量不具有選擇性,無法區分DNA、RNA或蛋白質,同時一些游離核苷酸或多余的鹽離子也會影響檢測的數值。比如雖然從超微量分光光度計測量結果分析,大腸桿菌樣本提取效果最好的是*為,但是電泳的結果卻是新景和*為的DNA條帶亮度差不多,**贊的DNA條帶反而更亮,并且*為提取的大腸桿菌DNA中污染有RNA。
5. 對比超微量分光光度計測量結果和Qubit檢測結果,可以發現新景和**金的試劑盒提取的DNA這兩者的檢測結果數值都很接近,差異比**贊和*為的試劑盒要小,說明新景和**金的試劑盒提取的DNA純度更高,RNA等雜質的含量很少(電泳也能觀察到區別)。
市場上常見的通用性基因組DNA提取試劑盒(包括**贊、*為等公司)所采用的技術方案都是模仿QIAGEN的DNeasy Blood & Tissue Kit 產品,簡而言之就是蛋白酶K消化后加醇過柱,缺點是去除雜質效率比較差,且容易殘留RNA。新景的快速通用型基因組DNA提取試劑盒則采用了全新獨創的分相后直接過柱技術,不僅操作步驟更簡單,獲得的DNA純度更高,對復雜樣本(血液、植物、糞便)也能輕松應對,必定會在不同廠家的通用型基因組DNA提取試劑盒競爭中脫穎而出。