軟骨作為硫酸軟骨素的生產原料,其來源也是生產廠家和消費者關心的重點。軟骨中有多少DNA?能不能提出來?如何鑒定其來源?請看下面的實驗。
實驗材料:干燥的豬鼻骨
實驗試劑:動物組織DNA試劑盒(simgen,Cat.No.3101050)、Buffer SP、豬源DNA基因檢測試劑盒(simgen,Cat.No.7804050)
實驗設備:水浴鍋、高速離心機、移液器、微量紫外分光光度計及熒光PCR儀
實驗方法:
1) 用全新的手術刀刮去軟骨有霉變的表層,用刀尖切取中間部分,裝到1.5 ml離心管(每管15-25 mg左右)中;
2) 向樣本中加入20μl蛋白酶K貯存液,180μl 的Buffer AT和15μl的Buffer SP。
3) 56℃水浴至軟骨完全溶解(約30 min),溶液呈透明狀;
4) 加入200μl Buffer SL,旋渦震蕩15 s混勻,70℃水浴10 min;
5) 加入200μl無水乙醇,溫和翻轉離心管4-6次,低速離心將管蓋上的液體離下來。
6) 將上一步驟的液體轉移到核酸純化柱,12000 rpm離心30 s;
7) 加入Buffer WA和Buffer WB各洗滌一次;
8) 13000 rpm空離2 min;
9) 加入80μl Buffer TE洗脫DNA;
10) 在紫外分光光度計上測量DNA的濃度;
11) 瓊脂糖凝膠電泳;
12) 使用4μl DNA模板進行熒光定量PCR豬源檢測。
實驗結果:
1.在微量紫外分光光度計上用Buffer TE調零,測量洗脫下來的軟骨DNA濃度,結果如下,
2.在1%的瓊脂糖凝膠上,加入8μl軟骨DNA,電泳15min,結果如下,從測量的OD值來看,樣品濃度很高,從25mg的軟骨中可以提到8μg的DNA,OD260/OD280在1.75-1.78之間,DNA純度很高,估計是因為干燥后的軟骨經一段時間的保藏和運輸,其中的RNA早已被降解完全。不過放了這么久,DNA可能也會有很大程度的降解,降解的短核苷酸鏈也會有提高OD260吸收值的作用,所以我們來跑電泳看一下有沒有基因組DNA的主條帶。
出乎我們的意料,雖然可以看到部分拖尾的降解條帶,但是電泳主條帶也非常清晰。說明我們從軟骨樣本中提到了完整度很高的基因組DNA,并且含量也不低。至于為什么能從軟骨中提到這么完整的DNA,推測有可能是因為軟骨經干燥以后,各種酶相繼失活,DNA反而得到了很好的保存。
3.熒光定量PCR豬源檢測結果
陽性對照為豬源DNA基因檢測試劑盒(simgen,Cat.No.7804050)中的強陽性標準品,濃度為100 ng/μl,對比熒光曲線和Ct值,我們提取的軟骨DNA豬源陽性很強,Ct值相差很小,說明此軟骨確實是豬來源。
通過這個實驗,我們可以得出以下結論:
1. 軟骨中的DNA含量比較高,可以作為鑒定樣本提取DNA。
2. Simgen 動物組織DNA試劑盒能高效地提取到軟骨中的基因組DNA。
3. 干燥的軟骨中提取到的DNA的完整度很高,所以推測從風干的人或動物尸體中的軟骨組織中取樣提取DNA也是不錯的選擇。
Simgen實驗室