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如何做好RNA電泳實驗

作者:新景實驗室
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RNA,即核糖核酸,是存在于生物細胞以及部分病毒、類病毒中的遺傳信息載體,在遺傳表達與調控研究、疾病研究和物種鑒定等分子生物學領域都有著重要應用。

RNADNA不同,是單鏈結構,本身就不穩定,再加上它的天敵——RNA酶(RNase)廣泛存在于自然界中,又非常穩定,用常規的高溫高壓蒸氣滅菌方法和蛋白抑制劑都不能使RNase完全失活。因此,RNA非常容易降解,在提取中必須做好相應的保護措施。而在提取之后,為了確認RNA提取是否成功,一般我們都會進行電泳觀察,這時候同樣需要注意,如果操作不當,那么得到的電泳圖可能就會不盡如人意。下面就給大家介紹一些RNA電泳常見的情況。

simgen-蛋白酶k-一些常見的電泳圖





看了這么多RNA電泳圖,那么如何來做好RNA電泳呢?經典的RNA電泳用的是甲醛瓊脂糖凝膠電泳,利用甲醛與谷氨酸殘基的單亞氨基基團形成不穩定的堿基配對,這些配對通過阻止鏈內堿基配對而使RNA維持在變性狀態,不會被RNase降解。但是近些年報導的甲醛中毒事件令人談色變,在20171027日,世界衛生組織國際癌癥研究機構公布的致癌物清單中,甲醛更是被列入了一類致癌物中。因此很多人不愿意使用甲醛瓊脂糖凝膠電泳。

那么不使用甲醛瓊脂糖凝膠電泳方法,如何做好RNA電泳呢?今天小新就將實驗室RNA電泳方法分享給大家作參考。

1. 將電泳槽、制膠槽、梳子等用0.1%DEPC37℃浸泡過夜,然后用RNase-free的水沖洗干凈;

2. RNase-free的水配置1×TAE,制膠和電泳液也要使用RNase-free的水配置的1×TAE

3. 向電泳液中加入0.05%蛋白酶K貯存液Simgen Cat.No.8000224,混合均勻,靜置過夜(16~24小時,由于蛋白酶K最適活性在60℃左右,夏天可適當縮短,冬天可適當延長),第二天即可進行RNA電泳。

解釋:RNase不管如何穩定,本質還是蛋白質,而蛋白酶K就是專門分解蛋白質的,用上述方法進行RNA電泳,既能保證RNA在電泳過程中不會被降解,又無毒無害,能夠放心使用希望這個方法對各位讀者有所幫助,能夠做好RNA電泳實驗。


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