做PCR實驗的同學們都知道，肝素鈉本身是一種PCR的強烈抑制劑，這也是為什么用作DNA提取的血樣都不推薦用肝素抗凝采血管采樣的原因。但是如果一定要從肝素鈉中提取DNA再做PCR檢測，傳統的酚氯仿抽提加醇沉淀DNA的提取方法肯定只能放棄了，因為肝素的結構類似多糖，只要是多糖（DNA和脫氧核糖核酸，也有多糖的特性）溶液，加醇后多糖就會沉淀下來。但是反過來說肝素鈉這一多糖特性的好處就是：肝素鈉在提純的過程中肯定會殘留較多的DNA，為肝素鈉的物種來源鑒定提供了最直接的證據。

最近我們接到一個肝素鈉物種源性鑒定的需求，收到樣品后才發現這次的肝素鈉并不是常見的那種黑色的粗品肝素鈉，而是白色粉末狀的精品肝素鈉，這就意味著這個樣品經過了多次深度加工處理，估計其中含有的DNA不僅數量少，而且很可能降解得非常嚴重了，能不能提取到足夠的DNA用作物種源性檢測呢？面對這一棘手樣本，我們拭目以待。

實驗目的：

從精品肝素鈉中提取出DNA，用熒光PCR法鑒定物種源性，并估算DNA含量。 

實驗材料：

兩個精品肝素鈉樣本，來自杭州**基因工程有限公司：肝素鈉（批號：DHS201023 (IL)）；依諾肝素鈉（批號202004）

肝素鈉DNA純化試劑盒（Simgen Cat.No.7902050）

豬源性DNA熒光PCR檢測試劑盒（Simgen Cat.No.7804050）

超微量電子天平（DENVER INSTRUMENT，TP-213）

旋渦震蕩器（越新儀器，XH-C）

臺式離心機（eppendorf Centrifuge 5415 D）

熒光定量PCR儀（ABI 7500）

實驗方法：

1. 稱取約200 mg肝素鈉，加入4倍體積（800 μl）的Buffer S，旋渦震蕩直至全部溶解。

2. 在一個潔凈的1.5 ml離心管中加入500 μl Buffer P5和5 μl Carrier RNA，再加入100 μl步驟1中的肝素鈉溶液，旋渦震蕩混合均勻。

3. 將混合液轉移到核酸吸附柱中，離心去濾液。

4. 在核酸吸附柱中加入700 μl Buffer WB，離心去濾液。

5. 最高速（≥12000 rpm）離心1分鐘，棄2 ml離心管。

6. 將核酸吸附柱置于一個潔凈的1.5 ml離心管中，在吸附柱的膜中央加入100 μl Buffer S，蓋上管蓋，室溫靜置1分鐘，離心洗脫DNA。

7. 棄吸附柱，在洗脫的DNA中再次加入500 μl Buffer P5，用移液器吸注數次混勻Buffer P5和DNA溶液。

8. 將混合液轉移到核酸純化柱中，離心棄濾液。

9. 在核酸純化柱中加入700 μl Buffer WB，離心去濾液。

10. 重復Buffer WB洗滌一次。

11. 最高速（≥12000 rpm）離心1分鐘，棄2 ml離心管。

12. 將核酸純化柱置于一個潔凈的1.5 ml離心管中，在純化柱的膜中央加入50 μl Buffer TE，蓋上管蓋，室溫靜置1分鐘，離心洗脫DNA。

13. 按照豬源性DNA熒光PCR檢測試劑盒說明書配置豬源檢測PCR反應液，加入5 μl提取的DNA和陽性對照，進行熒光PCR檢測。

實驗結果：

熒光定量PCR擴增曲線如下：

1-6是陽性對照擴增結果，所含的豬源DNA量依次是5 ng、0.5 ng、0.05 ng、5 pg、0.5 pg、0.05 pg。

7、8是從肝素鈉中提取的DNA的擴增結果。

9、10是從依諾肝素鈉中提取的DNA的擴增結果。

分析與討論：

1. 從熒光PCR擴增結果分析，提取的兩種肝素鈉樣本的DNA擴增均有起線，證明兩種肝素鈉樣本中都含有豬源DNA成分。同時也說明Simgen設計的肝素鈉DNA純化試劑盒去除肝素鈉的效果挺好，沒有抑制PCR擴增。

2. 從擴增曲線上分析，5 μl肝素鈉提取的DNA含量與5 pg的陽性對照接近重合，5 μl依諾肝素鈉提取的DNA含量在5 pg和0.5 pg的陽性對照之間。

3. 按核酸回收率100%計算，每20 mg (100 μl 20%肝素鈉溶液)中含豬源DNA為50 pg，即每mg肝素鈉約含豬源DNA 2.5 pg，每mg依諾肝素鈉約含豬源DNA 0.625 pg。這個數量級的DNA含量已經屬于痕量級的DNA了，如果在提取DNA的過程中未添加Carrier RNA的話，可能回收不到足夠的DNA，也會使PCR擴增失敗。

需要說明的是，PCR能擴增的DNA片段須大于100 bp，如果肝素鈉在精制的過程中會降解DNA，就有可能導致樣本中殘留的一些DNA片段小于100 bp，而這些小片段的DNA則不能作為PCR模板進行有效的擴增。因此以熒光PCR方法對精制的肝素鈉樣品中的DNA含量定量分析應該不會太精確，確切地說，只能估算片段大于100 bp的DNA分子數量，其他更小片段的DNA分子則因為擴增失敗而被忽略了。