一、基因組DNA提取方法
1、貼壁細胞用胰酶消化,離心收集。
2、細胞重懸于冰冷的PBS漂洗一次,離心收集。試驗步驟2再重新作一邊。
3、加入5mlDNA提取緩沖液,(10mmol/LTris-cl,0.1mol/LEDTA,0.5%SDS),混勻。
4、加入25ul蛋白酶K,使終濃度達到100ug/ml,混勻,50℃水浴3h,
5、用等體積的酚抽提一次,2500rpm離心收集水相,用等體積的(酚,氯仿,異戊醇)混合物抽提一次,2500r/min離心收集水相
6、用等體積的氯仿,異戊醇抽提一次。加入等體積的5mol/L的LiCL,混勻,冰浴,10min.。
7、2500rpm離心10min.轉上清于一離心管中。加入等體積的異丙醇。室溫10min。2500rpm,離心10min。棄上清。
8、加入0.1倍體積3mol/L乙酸鈉(pH5.2)與2倍體積-20℃預冷無水乙醇。-20℃20min。
9、12000r/min,室溫離心5min。棄上清。將DNA溶于適量TE中。
二、外周血DNA提取技術
1、取靜脈血5ml,EDTA抗凝,2500rpm離心10min。
2、小心吸取上層血漿,分裝到3個0.5ml離心管中。
3、在血細胞中加入3倍體積的溶血液,搖勻,冰浴15min。
4、2500rpm離心10min,棄上清。
5、加入10ml溶血液,搖勻,冰浴15min。
6、3000rpm離心10min,棄上清。
7、倒置離心管,去掉殘液。
8、得白細胞,-80℃凍存。
三、氯仿法抽提外周血白細胞基因組DNA:
試驗試劑:
Ligsis buffer:
133mM NH4ClNHC l7.12g 0.9mM NH4HCO3 NH4HCO 30.071g 0.1mMEDTA 0.5mM EDTA 0.2ml;最后加滅菌去離子水至1000ml,高壓滅菌。
ACD抗凝劑:
檸檬酸1.68g檸檬酸鈉4.62g葡萄糖5.15g;最后加滅菌去離子水至350ml,高壓滅菌。
提取緩沖液(Extraction buffer):
10mMTrisCl(PH=8.0) 1MTris.Cl(PH=8.0) 1ml0.1mMEDTA(PH=8.0) 0.5mMEDTA(PH=8.0) 20ml0.5%SDS10%SDS0.5ml;最后加滅菌去離子水至100ml,高壓滅菌
試驗步驟:
1、在500μl抗凝血中加入ligsisbuffer1000μl,充分顛混至清亮。以4000rpm,離心5min。棄上清液。
2、沉淀中加入ligsisbuffer1500μl,充分勻漿。以6000rpm,離心5min。
3、徹底棄去上清,加入extractionbuffer500μl(裂解細胞),混勻置于37℃,水溶1h。
4、加入8μl的蛋白酶K,顛混,37℃過夜(或55℃,3h,但是37℃效果要好些)。
5、每管加入450μl飽和酚(取溶液下層)緩慢搖晃10min,以5500rpm,離心15min。
6、取上清,每管加入250μl飽和酚和250μl氯仿-異戊醇,搖勻10min,以5500rpm,離心15min。
7、取上清,每管加入500μl氯仿-異戊醇,搖勻10min,以5500rpm,離心15min。
8、取上清,每管加50μl的3M的NaAC+,適量無水乙醇(預冷)至滿,搖勻放入-20℃保存2h以上。
9、以12000rpm,離心20min。去上清,加入70%乙醇500μl,以12000rpm,離心5min,去上清,50-60℃干燥。
10、加入50μl滅菌去離子水,轉彈,混勻。
四、NaI提取法提取外周血白細胞基因組:
1、取外周抗凝血(全血)100ul于eppendorf管中,12000rpm離心12min。
2、棄上清,加雙蒸水200ul溶解,搖勻20s。
3、混勻后加6MNaI溶液200ul,搖勻20s。
4、加入氯仿/異戊醇(24:1)400ul,邊加邊搖,搖勻20s,12000rpm離心12min。
5、取上層液350ul,加入另一新eppendorf管中,加0.6倍體積異丙醇,搖勻20s,室溫放置15min,靜置后的反應體系15000rpm離心12min,使沉淀緊貼eppendorf管壁。
6、棄異丙醇,加70%乙醇1ml(不振動),以15000rpm離心12min。
7、棄乙醇,敞開eppendorf管蓋,烘干(37℃恒溫箱)后,加1xTE溶液30ul,溶解DNA>12h以上,制成的DNA液-20℃冰箱保存備用。
五、外周血白細胞基因提取方法:
1、將1mlEDTA抗凝貯凍血液于室溫解凍后移入5ml離心管中,加入1ml磷酸緩沖鹽溶液(PBS),混勻,3500rpm離心15min,傾去含裂解紅細胞的上清。重復一次。用0.7mlDNA提取液混懸白細胞沉淀,37℃水浴溫育1h。
2、將上述DNA提取液混懸白細胞,37℃水浴溫育1h后,加入1mg/ml蛋白酶K0.2ml,至終濃度為100-200ug/ml,上下轉動混勻,液體變粘稠。50℃水浴保溫3h,裂解細胞,消化蛋白。保溫過程中,應不時上下轉動幾次,混勻反應液。
3、反應液冷卻至室溫后,加入等體積的飽和酚溶液,溫和地上下轉動離心管5-10min,直至水相與酚相混勻成乳狀液。5000rpm離心15min,用大口吸管小心吸取上層粘稠水相,移至另一離心管中。重復酚抽提一次。加等體積的氯仿:異戊醇(24:1),上下轉動混勻,5000rpm離心15min,用大口吸管小心吸取上層粘稠水相,移至另一離心管中。重復一次。
4、加入1/5體積的3mol/LNaAc及2倍體積的預冷的無水乙醇,室溫下慢慢搖動離心管,即有乳白色云絮狀DNA出現。用玻璃棒小心挑取云絮狀的DNA,轉入另一1.5ml離心管中,加70%乙醇0.2ml,以5000rpm離心5min。洗滌DNA,棄上清,去除殘留的鹽。重復一次。室溫揮發殘留的乙醇,但不要讓DNA完全干燥。加TE液20ul溶解DNA,置于搖床平臺緩慢搖動,DNA完全溶解通常需12-24h。制成的DNA液-20℃冰箱保存備用。
六、真核細胞DNA的制備
試劑準備:
1、TE:10mMTris-HCl(pH7.8); 1mM EDTA(pH8.0)。
2、TBS:25mMTris-HCl(pH7.4); 200mM NaCl;5mMKCl。
3、裂解緩沖液:250mMSDS;使用前加入蛋白酶K至100mg/ml。
4、20%SDS
5、2mg/ml蛋白酶K
6、Tris飽和酚(pH8.0)、酚/氯仿(酚∶氯仿=1∶1)、氯仿
7、無水乙醇、75%乙醇
試驗步驟:
材料處理:
1、新鮮或冰凍組織處理:
1)取組織塊0.3-0.5cm3,剪碎,加TE0.5ml,轉移到勻漿器中勻漿。
2)將勻漿液轉移到1.5ml離心管中。
3)加20%SDS25ml,蛋白酶K(2mg/ml)25ml,混勻。
4)60°C水浴1-3hr。
2、培養細胞處理:
1)將培養細胞懸浮后,用TBS洗滌一次。
2)離心4000g×5min,去除上清液。
3)加10倍體積的裂解緩沖液。
4)50-55°C水浴1-2hr。
DNA提取:
1、加等體積飽和酚至上述樣品處理液中,溫和、充分混勻3min。
2、離心5000g×10min,取上層水相到另一1.5ml離心管中。
3、加等體積飽和酚,混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。
4、加等體積酚/氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。如水相仍不澄清,可重復此步驟數次。
5、加等體積氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。
6、加1/10體積的3M醋酸鈉(pH5.2)和2.5倍體積的無水乙醇,輕輕倒置混勻。
7、待絮狀物出現后,離心5000g×5min,棄上清液。
8、沉淀用75%乙醇洗滌,離心5000g×3min,棄上清液。
9、室溫下揮發乙醇,待沉淀將近透明后加50-100mlTE溶解過夜。