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全血 細胞DNA提取方法

作者:新景實驗室
版權說明:本文系原創文章 轉載請標注出處和本文鏈接

一、基因組DNA提取方法
1、貼壁細胞用胰酶消化,離心收集。
2
、細胞重懸于冰冷的PBS漂洗一次,離心收集。試驗步驟2再重新作一邊。
3
、加入5mlDNA提取緩沖液,(10mmol/LTris-cl,0.1mol/LEDTA,0.5%SDS),混勻。
4
、加入25ul蛋白酶K,使終濃度達到100ug/ml,混勻,50水浴3h,
5
、用等體積的酚抽提一次,2500rpm離心收集水相,用等體積的(酚,氯仿,異戊醇)混合物抽提一次,2500r/min離心收集水相
6
、用等體積的氯仿,異戊醇抽提一次。加入等體積的5mol/LLiCL,混勻,冰浴,10min.
7
2500rpm離心10min.轉上清于一離心管中。加入等體積的異丙醇。室溫10min2500rpm,離心10min。棄上清。
8
、加入0.1倍體積3mol/L乙酸鈉(pH5.2)2倍體積-20預冷無水乙醇。-2020min
9
12000r/min,室溫離心5min。棄上清。將DNA溶于適量TE中。

二、外周血DNA提取技術
1
、取靜脈血5mlEDTA抗凝,2500rpm離心10min
2
、小心吸取上層血漿,分裝到30.5ml離心管中。
3
、在血細胞中加入3倍體積的溶血液,搖勻,冰浴15min
4
2500rpm離心10min,棄上清。
5
、加入10ml溶血液,搖勻,冰浴15min
6
3000rpm離心10min,棄上清。
7
、倒置離心管,去掉殘液。
8
、得白細胞,-80凍存。

三、氯仿法抽提外周血白細胞基因組DNA
試驗試劑:

Ligsis buffer
133mM NH4ClNHC  l7.12g 0.9mM NH4HCO3 NH4HCO 30.071g  0.1mMEDTA  0.5mM EDTA  0.2ml
;最后加滅菌去離子水至1000ml,高壓滅菌。

ACD抗凝劑:

檸檬酸1.68g檸檬酸鈉4.62g葡萄糖5.15g;最后加滅菌去離子水至350ml,高壓滅菌。

提取緩沖液(Extraction buffer):

10mMTrisCl(PH=8.0) 1MTris.Cl(PH=8.0) 1ml0.1mMEDTA(PH=8.0) 0.5mMEDTA(PH=8.0) 20ml0.5%SDS10%SDS0.5ml;最后加滅菌去離子水至100ml,高壓滅菌

試驗步驟:
1
、在500μl抗凝血中加入ligsisbuffer1000μl,充分顛混至清亮。以4000rpm,離心5min。棄上清液。
2
、沉淀中加入ligsisbuffer1500μl,充分勻漿。以6000rpm,離心5min
3
、徹底棄去上清,加入extractionbuffer500μl(裂解細胞),混勻置于37,水溶1h
4
、加入8μl的蛋白酶K,顛混,37過夜(或553h,但是37效果要好些)。
5
、每管加入450μl飽和酚(取溶液下層)緩慢搖晃10min,以5500rpm,離心15min
6
、取上清,每管加入250μl飽和酚和250μl氯仿-異戊醇,搖勻10min,以5500rpm,離心15min
7
、取上清,每管加入500μl氯仿-異戊醇,搖勻10min,以5500rpm,離心15min
8
、取上清,每管加50μl3MNaAC+,適量無水乙醇(預冷)至滿,搖勻放入-20保存2h以上。
9
、以12000rpm,離心20min。去上清,加入70%乙醇500μl,以12000rpm,離心5min,去上清,50-60干燥。
10
、加入50μl滅菌去離子水,轉彈,混勻。

四、NaI提取法提取外周血白細胞基因組:
1、取外周抗凝血(全血)100uleppendorf管中,12000rpm離心12min
2
、棄上清,加雙蒸水200ul溶解,搖勻20s
3
、混勻后加6MNaI溶液200ul,搖勻20s
4
、加入氯仿/異戊醇(241400ul,邊加邊搖,搖勻20s12000rpm離心12min
5
、取上層液350ul,加入另一新eppendorf管中,加0.6倍體積異丙醇,搖勻20s,室溫放置15min,靜置后的反應體系15000rpm離心12min,使沉淀緊貼eppendorf管壁。
6
、棄異丙醇,加70%乙醇1ml(不振動),以15000rpm離心12min
7
、棄乙醇,敞開eppendorf管蓋,烘干(37恒溫箱)后,加1xTE溶液30ul,溶解DNA12h以上,制成的DNA-20冰箱保存備用。

五、外周血白細胞基因提取方法:
1、將1mlEDTA抗凝貯凍血液于室溫解凍后移入5ml離心管中,加入1ml磷酸緩沖鹽溶液(PBS),混勻,3500rpm離心15min,傾去含裂解紅細胞的上清。重復一次。用0.7mlDNA提取液混懸白細胞沉淀,37水浴溫育1h
2
、將上述DNA提取液混懸白細胞,37水浴溫育1h后,加入1mg/ml蛋白酶K0.2ml,至終濃度為100-200ug/ml,上下轉動混勻,液體變粘稠。50水浴保溫3h,裂解細胞,消化蛋白。保溫過程中,應不時上下轉動幾次,混勻反應液。
3
、反應液冷卻至室溫后,加入等體積的飽和酚溶液,溫和地上下轉動離心管5-10min,直至水相與酚相混勻成乳狀液。5000rpm離心15min,用大口吸管小心吸取上層粘稠水相,移至另一離心管中。重復酚抽提一次。加等體積的氯仿:異戊醇(241),上下轉動混勻,5000rpm離心15min,用大口吸管小心吸取上層粘稠水相,移至另一離心管中。重復一次。
4
、加入1/5體積的3mol/LNaAc2倍體積的預冷的無水乙醇,室溫下慢慢搖動離心管,即有乳白色云絮狀DNA出現。用玻璃棒小心挑取云絮狀的DNA,轉入另一1.5ml離心管中,加70%乙醇0.2ml,以5000rpm離心5min。洗滌DNA,棄上清,去除殘留的鹽。重復一次。室溫揮發殘留的乙醇,但不要讓DNA完全干燥。加TE20ul溶解DNA,置于搖床平臺緩慢搖動,DNA完全溶解通常需12-24h。制成的DNA-20冰箱保存備用。

六、真核細胞DNA的制備

試劑準備:
1
TE:10mMTris-HCl(pH7.8);    1mM EDTA(pH8.0)
2
TBS:25mMTris-HCl(pH7.4);   200mM NaCl;5mMKCl
3
、裂解緩沖液:250mMSDS;使用前加入蛋白酶K100mg/ml
4
20%SDS
5
2mg/ml蛋白酶K
6
Tris飽和酚(pH8.0)、酚/氯仿(酚∶氯仿=11)、氯仿
7
、無水乙醇、75%乙醇
試驗步驟:
材料處理:
1
、新鮮或冰凍組織處理:
1)
取組織塊0.3-0.5cm3,剪碎,加TE0.5ml,轉移到勻漿器中勻漿。
2)
將勻漿液轉移到1.5ml離心管中。
3)
20%SDS25ml,蛋白酶K(2mg/ml)25ml,混勻。
4)60°C
水浴1-3hr
2
、培養細胞處理:
1)
將培養細胞懸浮后,用TBS洗滌一次。
2)
離心4000g×5min,去除上清液。
3)
10倍體積的裂解緩沖液。
4)50-55°C
水浴1-2hr
DNA
提取:
1
、加等體積飽和酚至上述樣品處理液中,溫和、充分混勻3min
2
、離心5000g×10min,取上層水相到另一1.5ml離心管中。
3
、加等體積飽和酚,混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。
4
、加等體積酚/氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。如水相仍不澄清,可重復此步驟數次。
5
、加等體積氯仿,輕輕混勻,離心5000g×10min,取上層水相到另一管中。
6
、加1/10體積的3M醋酸鈉(pH5.2)和2.5倍體積的無水乙醇,輕輕倒置混勻。
7
、待絮狀物出現后,離心5000g×5min,棄上清液。
8
、沉淀用75%乙醇洗滌,離心5000g×3min,棄上清液。
9
、室溫下揮發乙醇,待沉淀將近透明后加50-100mlTE溶解過夜。

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