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容易被誤讀的電泳圖（核酸電泳經驗之談1）

作者：新景實驗室

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近期連續接到電泳小白的質量投訴，究其原因是看電泳沒經驗--感覺很有必要就一種很容易被誤讀的電泳圖進行深入分析：

大家第一眼看上去覺得最后一孔出現拖尾帶是個什么情況？拖尾嚴重且DNA主帶較暗，是DNA降解了嗎？

錯。主帶（長片段）是基因組DNA，拖尾帶是殘留的降解RNA條帶。--憑什么這么說？

1. 用戶提取的是新鮮分離的小鼠肝臟組織DNA，并且沒有加RNA酶消化。

2. 同樣條件提取的DNA（第六孔）殘留的拖尾帶是不連續的，集中在某一區域（可以解讀為殘留的降解RNA較少，如果降解DNA的典型帶型參考圖四）。

所以小編立刻堅決地否定了用戶有關DNA有降解的投訴，并預言：

1.如果在提取DNA時加入RNase A就不會出現這種現象。

2.延長電泳時間，RNA拖尾會消失，DNA主帶會變亮。

3.將電泳凝膠放置一段時間（如過夜），拖尾帶會變暗甚至消失，而DNA主帶會變亮（可能變模糊但不會消失）。

用戶帶著滿滿的疑惑嘗試了延長電泳，結果對比如圖二：

有人也許會有疑問，如果不是DNA降解的話，那么DNA主帶為什么會這么暗呢？其實這并非DNA量少產生的，而是由于殘留的RNA過多以致電泳過程中將大部分EB帶走，使得DNA主帶沒有足夠的EB對其進行染色。但是如果繼續電泳一段時間，或者干脆電泳至RNA跑到電泳緩沖液中后，DNA也就會染上足夠的EB了，這時就能看到正常亮度的DNA主帶了。

我們來看看真正有降解的DNA條帶是怎樣的吧：

是不是覺得第二孔和圖一的第七孔很像呢？如果小編說這是DNA降解的拖尾而不是RNA降解的拖尾，是不是有點懵了。也許你們會想這看上去和剛才那RNA降解的條帶沒什么不同，憑什么說是DNA降解呢？別急，既然剛剛解釋過如果小片段的RNA過多會將EB帶走而導致跑得慢的長片段DNA沒有足夠的EB染上染色，那么小片段的DNA（降解的DNA）也會有同樣的效果了。如果把電泳時間延長的話就能看出不同的結果了，如下圖：

是不是覺得有點不可思議，剛開始相似的兩幅電泳圖最后卻是不同的電泳結果，那么怎么去判斷呢？最簡便的判斷方法就是看提取的樣本是否是新鮮樣本。如果是新鮮的樣本，那么拖尾的就是降解的RNA，因為新鮮的樣本一般不會出現DNA降解，但是很容易殘留RNA；如果是陳舊的樣本，那么一般來說拖尾就屬于降解的DNA了。

如果不能確定樣本是否新鮮，那么另一種有效的判斷方法就是延長電泳時間。如果是降解RNA造成的拖尾，那么延長電泳時間后就會使RNA完全降解或者使RNA跑到緩沖液中。但是降解DNA造成的拖尾則不會出現這種現象，因為DNA降解時有很多片段仍然比較大，很難跑到緩沖液中，并且DNA比RNA穩定，不會在電泳的時間中出現很明顯的降解或消失。

所以在分析凝膠電泳圖時，充足的電泳時間也很有必要，這樣不僅可以使DNA Marker的各條帶分開，容易對比長度，也能確認是何種核酸殘留所造成的拖尾。