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石蠟組織DNA提取法

作者:新景實(shí)驗(yàn)室
版權(quán)說(shuō)明:本文系原創(chuàng)文章 轉(zhuǎn)載請(qǐng)標(biāo)注出處和本文鏈接

方法一:改良TES水浴法

將蠟塊組織切片為10μm大小,修剪掉多余的石蠟,取10片置于1.5ml Eppendorf 管中,加入1ml TES溶液充分振蕩10min70水浴30min,15000r/min 離心15min,棄上清,重復(fù)2次。最后1次棄去上清后向管中加入500μ消化緩沖液,再加入20μ蛋白酶(質(zhì)量濃度5mg/ml),置于55水浴過(guò)夜。在沸水中水浴10min,以滅活蛋白酶K。加入等體積飽和酚氯仿-異戊醇(25:24:1),重復(fù)抽提3次。最后取上層水相,加入無(wú)水乙醇沉淀。70%乙醇充分洗滌DNA,空氣干燥,加入50μl TES 溶液溶解,置于-20保存?zhèn)溆谩?/span>

方法二:二甲苯脫蠟法

將蠟塊組織切片10μ,加入1ml 二甲苯溶液。在37水浴中輕搖10min 4000 r/min 離心15min ,小心吸去二甲苯,重復(fù)兩次。棄去二甲苯后加入1ml 無(wú)水乙醇洗滌,再依次用95%、75%25%乙醇進(jìn)行梯度水化。棄去上清后向管中加入500μ消化緩沖液,再加入 20μ蛋白酶K(質(zhì)量濃度為5mg/ml),置于55水浴中過(guò)夜。加入等體積飽和酚氯仿-異戊醇重復(fù)抽提3次。最后取上層水相經(jīng)過(guò)沉淀、洗滌、干燥后,于-20保存?zhèn)溆谩?/span>

方法三:無(wú)需脫蠟法(Goelz 法改良)

1、取出已分裝好的石蠟組織片,切除多余的石蠟,暴露組織

2、將組織切碎(最大徑<0.5mm),稱重,放置于2ml 離心管中

3、加入TE9提取液1ml ,高速混懸2~3min,與48水浴郭中放置24h。(TE9 DNA提取液的制備:500mmol/L Tris 20mmol/L EDTA10mmol/LNaCl;1%SDS500μg/mlpH8.0

4、再次混懸組織,加入蛋白酶K至終濃度1mg/ml,SD2%,孵育24-36h(組織消化完全為宜,微量管液體分層,上層為蠟溶液渾濁層,下層為組織消化澄清液)

5、用等體積酚-氯仿溶液抽提3次,全速離心后可見(jiàn)明顯分層,抽提過(guò)程中小心抽吸,避開(kāi)上層蠟層及下層酚相層,吸取中間清亮層;

6、轉(zhuǎn)移上清,加入1/10體積3 M冰凍的NaAC溶液和等體積異丙醇室溫放置過(guò)夜,次日離心(12000 r/min10 min),收集DNA沉淀;

7、沉淀物用70%乙醇洗1次,去除多余鹽分。

8、沉淀干燥后溶于20μTE緩沖液(pH7.2),加入μl RNA酶,放置于-4冰箱備存。

方法四:脫蠟法

(1)脫蠟:

①將石蠟包埋的組織標(biāo)本切片5-8(5μm/每片),放入1.5ml離心管中;

②加入1 ml二甲苯,顛倒混勻,使二甲苯與組織充分接觸,放置于48水浴鍋中45分鐘;

③離心(12 000 r/rain10min),棄上清;

④重復(fù)前兩步(即用二甲苯脫蠟兩次);

⑤加入1 ml無(wú)水乙醇,翻轉(zhuǎn)混勻,離心(12000r/min,10 min),棄上清,以去除殘留二甲苯,此過(guò)程也重復(fù)兩次。

⑥棄上清后,將已脫蠟組織放置于超凈臺(tái)自然干燥。

(2)蛋白酶消化:于脫蠟后組織中加入細(xì)胞裂解液200μl,蛋白酶K(20 mg/ml)15 m,混勻,于37水浴鍋中溫浴至混合物清亮(37-48 h)。在消化過(guò)程中,消化24小時(shí)時(shí)補(bǔ)加一次蛋白酶K(10-15μl)。消化完全后離心(12000 r/min,10min),將上清轉(zhuǎn)移至另一微量離心管中。

(3)DNA提取:

①加入等體積的苯酚/氯仿(11)抽提2次,離心(12 000r/min10 min);

②轉(zhuǎn)移上清,加入等體積苯酚/氯仿/異戊醇(25241)抽提1次,離心(12 000 r/min10 min),轉(zhuǎn)移上清;

③加入上清液1/10體積的3 M冰凍NaAC溶液和2倍體積冷乙醇沉淀DNA,于-4冰箱沉淀過(guò)夜;

④次日于4離心(12 000 r/rain10 rain),收集DNA沉淀。將沉淀溶于20μl TE緩沖液,加1μl RNA酶,放置于-4冰箱保存待用。

方法五:GpelzDNA提取方法

1.   切除多余石蠟,暴露組織

2.   將組織切碎(最大徑<0.5mm),稱重;

3.   溶于TE9提取液(組織<50mg/5ml,50500mg/10ml,高速混懸23min;于48℃放置24h

4.   再次混懸組織,加入蛋白酶K至終濃度1mg/ml,SDS2%,孵育40h

5.   用等體積酚-氯仿溶液抽提3

6.   2.5倍體積乙醇沉淀DNA

7.   -70℃放置24h

8.   9000×g離心1h

9.   沉淀物用70%乙醇洗1

10.干燥,TEpH7.2)溶解。

方法六:

1、取蠟塊切片 15-20 張(8μm),置于eppendorf 管中,加入 1ml 的二甲苯,37作用 3h,以 10000rpm,離心 3min,傾去二甲苯。重復(fù) 3-4 次,觀察管壁是否光滑。如果仍有蠟質(zhì)殘存,需繼續(xù)脫蠟。

2、剃度酒精水化:加入 100%乙醇 1ml,室溫下放置 30min,以 10000rpm離心 3min,去上清;再依次分別加入 95%75%50%的乙醇重復(fù)上面的步驟。

3、消化:以 1 SSC500μL 加入 SSC 洗滌沉淀,以 12000rpm 離心 3min。棄去上清夜,干燥沉淀。加入石蠟消化液 400μL,PK20mg/ml20μl;55消化 120h,第四天,補(bǔ)加 PK10μl。

4、消化后的液體很清亮,肉眼可見(jiàn)的組織較少。將其轉(zhuǎn)入 98的水浴箱中,煮沸 10min,以滅活 PK,取出后置于冰上,使其迅速冷卻。以 10000rpm,離心 5min。

5、取上清加等量的酚-氯仿,輕顛倒混勻呈乳白色。低溫下以 14000rpm,離心 10min。小心取上清,再加入等量的酚-氯仿重復(fù)上面的步驟。

6、取上清加入預(yù)冷的兩倍體積的無(wú)水乙醇及 1/10 的乙酸鈉(PH5.2),顛倒混勻。置于-20,30min。低溫下以 14000rpm,離心 10min,去上清。

7、沉淀用 1ml  70%乙醇洗滌 2 次,顛倒 eppendorf 管數(shù)次)14000rpm,(以離心 5min,,自然干燥沉淀。

8、加 TE20μl,(含 RNA 酶),4下過(guò)夜。

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